培训大纲

课前预习：

1. 视频课程：《生物信息入门之 R》2. 安装软件：R、Rstudio

一：R 语言基础

1. R语言介绍2. 快速入门：通过一个例子，30分钟理解编程语言的框架3. 环境部署：R、Rstudio、包的安装4. 数据类型：数值型、字符型、逻辑型5. 数据结构：向量、数据框、列表、因子等6. 流程控制：循环、条件7. 输入输出

二：R语言进阶之Tidyverse：数据处理

1. Tibble 数据结构介绍，与数据框的转换2. 使用 dplyr 进行数据筛选和过滤3. 分组统计4. 多表关联

三：表达数据挖掘原理和GEO 数据挖掘

1.转录调控数据测序原理和方案设计2.表达数据挖掘思路串讲3.差异表达分析4.富集分析 5.相关性分析 6.主成分分析7. 聚类分析8.WGCNA 10. SRA 数据库介绍11.GEO 数据库介绍及数据下载和整理12.GEO 分析流程和代码参数讲解

四：项目实战

1.样本相关性分析及绘图2.聚类分析及绘图3.主成分分析3.1 screeplot：主成分解释度图3.2 bipolt：主成分二维图3.3 loadingsplot关键基因展示4. WGCNA加权共表达分析4.1 共表达网络构建4.2 模块与表型关联分析及绘图4.3 关键模块Cytoscape网络可视化4.4 Hub基因鉴定

五：项目实战

1.差异表达分析及绘图2. 富集分析（go富集pathway富集） 3. 蛋白互作网络 3.1string数据库介绍 3.2蛋白互作网络构建 3.3 蛋白互作网络美化 3.4 K-core解析与关键因子网络研究

六：ggpubr 出版级作图

1.基本概念：图层、映射、几何对象、统计变换、主题、坐标2. 绘图实战：散点图、条形图、箱线图、小提琴图、密度图等3. 添加 pvalue 等统计信息4. 图形美化：主题设置   5. 实用技巧：分面、一页多图等