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转录调控专题
  发布日期:2018-06-15    浏览次数:438次     字体大小:【大】【中】【小】

培训大纲

课前预习:

1. 视频课程:《生物信息入门之 R》2. 安装软件:R、Rstudio

一:R 语言基础

1. R语言介绍2. 快速入门:通过一个例子,30分钟理解编程语言的框架3. 环境部署:R、Rstudio、包的安装4. 数据类型:数值型、字符型、逻辑型5. 数据结构:向量、数据框、列表、因子等6. 流程控制:循环、条件7. 输入输出

二:R语言进阶之Tidyverse:数据处理

1. Tibble 数据结构介绍,与数据框的转换2. 使用 dplyr 进行数据筛选和过滤3. 分组统计4. 多表关联

三:表达数据挖掘原理和GEO 数据挖掘

1.转录调控数据测序原理和方案设计2.表达数据挖掘思路串讲3.差异表达分析4.富集分析 5.相关性分析 6.主成分分析7. 聚类分析8.WGCNA 10. SRA 数据库介绍11.GEO 数据库介绍及数据下载和整理12.GEO 分析流程和代码参数讲解

四:项目实战

1.样本相关性分析及绘图2.聚类分析及绘图3.主成分分析3.1 screeplot:主成分解释度图3.2 bipolt:主成分二维图3.3 loadingsplot关键基因展示4. WGCNA加权共表达分析4.1 共表达网络构建4.2 模块与表型关联分析及绘图4.3 关键模块Cytoscape网络可视化4.4 Hub基因鉴定

五:项目实战

1.差异表达分析及绘图2. 富集分析(go富集pathway富集) 3. 蛋白互作网络 3.1string数据库介绍 3.2蛋白互作网络构建 3.3 蛋白互作网络美化 3.4 K-core解析与关键因子网络研究

六:ggpubr 出版级作图

1.基本概念:图层、映射、几何对象、统计变换、主题、坐标2. 绘图实战:散点图、条形图、箱线图、小提琴图、密度图等3. 添加 pvalue 等统计信息4. 图形美化:主题设置   5. 实用技巧:分面、一页多图等


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