培训大纲

一．测序原理

1. Illumina 测序原理；2. PacBio 测序原理；3. Nanopore 测序原理；4.二代三代技术与基因组组装策略。

二．Linux基础

1.Linux简介；2.远程登陆；3.数据传输；4.Linux常用命令

三.基因组软件安装和流程部署

1.使用conda自动安装和管理软件；2.手动编译和安装软件（samtools、augustus等）；3.安装重复序列注释软件RepeatMasker、Repeatmodeler；4.部署基因组注释流程Braker和Maker；5.安装共线性分析软件MCScanX和jcvi

四．任务练习

1.任务一：使用fastp进行测序数据的过滤和质控；2.任务二：油脂合成相关基因家族分析案例实操；3.高级命令：awk、sed、grep、uniq、sort、wc、xargs等；4.任务的后台运行；5.任务的监控和管理；

五．基因组survey

1．基因组survey原理；2.使用jellyfish进行kmer分析及曲线绘制；3.使用gce及genomescope进行基因组大小估计、杂合度估计、重复序列含量估计；4.基因组测序及拼接策略制定

六．基因组拼接

1.二代和三代数据拼接原理；2.二代拼接实操：使用soapdenovo、spades进行基因组拼接；3.三代拼接实操：使用canu、wtdbg2进行基因组拼接；4.使用pilon对三代拼接结果进行矫正；5.基于hiC数据进行染色体挂载

七．基因结构注释

1.重复序列注释方法原理；2.基因结构注释方法原理；3.基因结构注释实操：Augustus参数模型训练；4.基因结构注释实操：使用Maker进行基因结构注释；5.细节处理：ID转换、格式标准化等

八.基因功能注释

1.Blast与基于序列相似性的功能注释；2.Hmmer与基于保守结构的功能注释；3.Gene Ontoloty功能分类数据库介绍；4.KEGG Pathway数据库介绍；5.功能注释实操及分析结果统计；

九.基因组评价

1.N50等指标统计；2.BUSCO软件安装；3.使用BUSCO对组装和注释结果进行评价；

十．基因家族鉴定

1.同源基因于基因家族概念介绍；2，近缘物种的选择和蛋白序列下载；3，提取最长转录本代表该基因序列；4，使用Orthofinder进行基因家族鉴定；5，维恩图绘制；6，单拷贝基因家族提取；

十一.进化树构建与物种分化时间估计

1.进化树构建及分化时间估计原理；2.基因树构建实操：使用raxml进行进化树构建；3.物种树构建实操：使用连接法基于surpergene构建物种树；4.使用ASTRAL-II基于进化树构建物种树；5.使用mcmctree基于DNA序列进行分化时间估计；6.使用mcmctree基于蛋白序列进行分化时间估计；

十二.基因家族收缩和扩张

1.基因家族收缩扩张原理及解读；2.实操：使用CAFé软件进行基因家族收缩扩张分析；3.提取显著收缩和扩张的基因家族；

十三.共线性分析

1.使用MCScanX（python）；2.物种间共线性分析；3.物种内共线性分析；4.共线性画图；

十四.正选择分析

1.正选择分析原理；2.两物种间直系同源基因鉴定；3.使用kaks-Caculator进行正选择分析；

十五.全基因组复制事件（WGD）研究

1.全基因组复制分析原理；2.基于ks进行全基因组复制分析；3.WGD分析结果绘图

十六.Circos绘图

1.circos软件基本介绍；2.绘图数据准备；3.circos配置文件讲解，4.使用circos软件进行绘图；