培训大纲

一.测序原理

1. illumina 测序原理；2. PacBio 测序原理；3. Nanopore 测序原理

二.Linux 基础

1.Linux 简介；2.远程登陆；3. 数据传输；4. Linux 常用命令

三.重测序分析软件流程部署

1. 过滤质控软件：fastqc、fastp；2. 比对和变异检测：bwa、samtools、picard、bedtools、bcftools、vcftools、GATK4、lumpy、 cnvnator 等；3. 变异注释：snpeff、annovar；4. 群体研究：plink、admixture、phylip , SNPphylo、PopLDdecay 等；5. GWAS ：emmax、qqman 等；6. BSA：QTLseqr；7. 基因课全套分析流程部署

四.任务练习

1. 任务一：使用 fastp 进行测序数据的过滤和质控；2. 任务二：油脂合成相关基因家族分析案例实操；3. 高级命令：awk、sed、grep、uniq、sort 、wc、xargs 等；4. 任务的后台运行；5. 任务的监控和管理。

五.变异检测原理

1. 变异检测原理及方法；2. sam/bam文件介绍；3. vcf/gvcf, ped/bed文件介绍

六.SNP、InDel检测实操

1. 使用 bwa 进行比对；2. 比对结果排序和去重复；3. 对结果统计；4. 使用 GATK 进行 SNP 和 InDel 检测

七.SV、CNV检测实操

1. 使用 lumpy 进行 SV 检测；2. 使用 cnvnator 进行 CNV 检测

八.变异注释

1. 使用 annovar 进行 SNP 和 InDel 注释；2. 使用 snpeff 进行 SNP 和 InDel 注释；3. 基于 overlap 方法对 SV 及 CNV 进行注释

九.群体结构分析原理

1. 进化树构建原理；2. 主成分分析；3. STRUCTURE 分析；4. 连锁不平衡分析

十.进化树构建和 STRUCTURE 分析

1. 使用ML和NJ法构建进化树；2. 进化树作图展示；3. 使用 admixture 进行 STRUCTURE 分析；4. STRUCTURE 绘图展示

十一.PCA 分析和 LD 衰减分析

1. 使用 plink 进行 PCA 分析；2. PCA 分析结果绘图展示；3. 使用 PopLDdecay 进行 LD 衰减分析；4. LD 衰减分析绘图展示

十二.群体选择分析原理

1. 自然选择的分类；2. 正选择的检测方法；3. π、TajimaD、Fst 及 ROD

十三.群体选择分析实操

1. 使用 vcftools 计算π、TajimaD、Fst等；2. π、TajimaD、Fst 及 ROD 结果展示；3. 提取受选择基因

十四.GWAS 分析原理

1. GWAS 分析原理讲解；2. 曼哈顿图介绍；3. QQ-plot 图介绍

十五.GWAS分析实操

1. 亲缘关系矩阵计算；2. 使用 emmax 进行 GWAS 分析；3. GWAS 结果绘图展示

十六.BSA 分析原理

1. 混池测序及 SNP-index；2. QTL-seq 分析原理；3. Mutmap 分析原理；4. qtl-seq 分析实操