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R语言和绘图专题
  发布日期:2018-06-15    浏览次数:642次     字体大小:【大】【中】【小】

培训大纲

一.快速入门

1.R语言介绍;2.R语言绘图体系介绍;3.出版级绘图介绍;4.环境部署:R安装、Rstudio安装、R包安装

二.R语言基础

1.数据结构:向量、数据框、因子、列表;2.数据类型:数值型、字符型、逻辑型、日期型;3.数据属性:连续型、有序型、分类型

三.绘图前的数据准备

1.使用Tidyverse进行数据整理;2.R中的管道;3.使用facats包处理因子

四.ggplot2绘图原理

1.快速入门:画一张散点图;2.深入理解:映射和标度;3.深入理解:几何对象与统计变换;4.深入理解:坐标系;5.深入理解:主题;

五.学术图表的颜色搭配

1.离散型变量的颜色搭配;2.连续型变量的颜色搭配;3.不同期刊风格的颜色搭配;

六.条形图、棒棒糖图

1.条形图;2.对条形图进行排序;3.对条形图进行分组排序;4.翻转坐标系条形图;5.棒棒糖图

七.饼图、甜甜圈图和玫瑰图

1.饼图与其坐标系;2.更美的饼图;3.甜甜圈图;4.玫瑰图;

八.多变量柱形图

1.并排柱形图;2.堆叠柱形图;3.填充柱形图;4.添加文字、百分比等信息

九.散点图、泡泡图、添加拟合曲线

1.散点图;2.气泡图;3.添加拟合曲线;4.添加相关系数和Pvalue;5.生物信息案例:更美的火山图;6.生物信息案例:更美的PCA二维图;

十.直方图、密度图、峰峦图

1.直方图;2.密度图;3.峰峦图;

十一.箱线图、小提琴图、云雨图

1,箱线图;2.小提琴图;3.蜂窝图;4.云雨图;5.添加统计检验;

十二.维恩图、UpSet图

1.维恩图;2.UpSet图

十三.相关系数图

1.相关系数热图;2.案例:重新绘制WGCNA中模块与表型相关性

十四.热图

1.使用pheatmap绘制简单热图;2.使用ComplexHeatmap绘制复杂热图;

十五.特殊图形:染色体结构图

1.用于展示染色体结构、基因分布等信息;2.常出现在基因组文章中

十六.特殊图形:对序列比对图

1.用于展示不同物种中同源基因或一个基因家族中基因之间的序列差异;2.常用于基因家族分析中;

十七.特殊图形:seqlogo图

1.用于展示序列特征;2.常用于基因家族分析、chip-seq分析中

十八.布局与拼图

1.使用cowplot包进行绘图;2.使用patchwork包进行绘图;3.一页多图的布局;4.图中图;5.局部放大


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